Die Agia Sophia Kirche wurde 1350 unter Manuel Kantakuzenos erbaut als Katholikon (Hauptkirche) des Zoodochos-Klosters, gleichzeitig war sie auch Palastkirche. Sie ist eine Kreuzkuppelkirche, bestehend aus einer Kuppel und 4 Gewölben, die sich kreuzförmig gegenüberstehen.
Bei den Wandmalereien fällt die Darstellung des Christus auf dem Thron auf, der hier sich in der Apsis befindet, in der normalerweise die Gottesmutter dargestellt ist. In der südöstlichen Kapelle befindet sich eine Darstellung der Geburt der Gottesmutter mit 2 „familiären“ Nebenhandlungen (z. B. Joachim spricht mit der kleinen Maria).
